El tramo discurre por el término municipal de Loja y presenta una gran complejidad debido a su naturaleza rocosa y abrupta orografía de hasta el 20%, que origina una red de drenaje de acusadas pendientes. Se plantea una velocidad de proyecto de 200km/h. Para la estación de viajeros de Loja que se construirá en este tramo se ha diseñado su urbanización, aparcamiento, haz de vías y paso inferior de 6,5x3,5m para conexión entre andenes. Se incluyen además pasos inferiores de hasta 8,0x5,7m, muros de hormigón armado en ménsula (altura de hasta 9m), rellenos de hasta 18m, la reposición de la A-341 y 3 nuevas intersecciones para conectar la estación con la autovía A-92.